1942年，正值抗日戰(zhàn)爭中期，也是蔣介石掀起第二次反共高潮的時期。許崇清鼓勵青年站在時代的前頭，以堅定和強干去實踐去創(chuàng)造我國文化的新階段。他教育青年，學習不要好高騖遠，不要對經驗的科學還未摸著頭緒，就高談其哲理。批評有些人輕視我國歷史文化遺產，甚至連中國語文也不肯下功夫。寫文章，錯別字連篇，卻自命“巨子”，武斷鄉(xiāng)曲，這副臉皮令人難看。

　　1944年底，日本侵略軍進攻韶關一帶。許崇清攜帶家屬撤退到連縣三江鎮(zhèn)。稍后，中山大學一部分師生亦由坪石突圍到這里，設立了中大連縣分教處。于是，在抗日戰(zhàn)爭最困難而又最臨近勝利的時刻，他又和中山大學聯(lián)系在一起了。許崇清在他的臨時住所里，以床板為書桌，為逃難到來的學生授課。當時連縣已成為日軍四面包圍的孤島，隨時都有淪陷的危險，但他終于在這里迎來了抗戰(zhàn)勝利。

　　1945年10月初，許崇清和他的家人回到了久別的故鄉(xiāng)——廣州。1946年，中國革命進入了解放戰(zhàn)爭時期，爭取政治自由與文化自由成為國民黨統(tǒng)治區(qū)人民的呼聲。1946年，他當時在廣州復刊的《新建設》雜志上發(fā)表了《自由底涵義與文化底自由》一文，論述了政治民主與文化自由的關系，認為真正的徹底的民主社會，才能保證文化的自由，批評了當時中國的專制統(tǒng)治。這個刊物仍是以他的名義主編的，登載了許多進步學者的文章。這一年，《新建設》被迫停刊。

　　1946—1948年期間，許崇清雖仍掛有空頭職銜，但實際上是做教學和研究工作。他接受中山大學和江蘇社會教育學院的聘請，講授教育哲學和哲學概論，經常來往于廣州、上海、蘇州、南京之間，并支持學生的“反內戰(zhàn)”運動。

　　1948年，許崇清在中山大學教育研究所出版的《教育研究》上，發(fā)表了《人類底實踐與教育底由來》，這篇論文是他長期以來對教育的本質進行深入研究的成果。學者認為，他的論述“發(fā)展了馬克思主義教育哲學”。

　　1949年初，許崇清離開廣州到香港。他在香港《文匯報》發(fā)表了《教育的過去與將來》等文章。中華人民共和國成立時，他參加了港九教育工作者的慶祝大會，并呼吁華南教育工作者“堅決和人民結合在一起，為建設統(tǒng)一、獨立、繁榮、民主的新中國而斗爭”。還發(fā)表了《迎接新中國教育工作者底新方向》的文章。

　　是年11月，許崇清回到解放后的廣州，任廣州市人民政府委員，并接受了廣東省軍事管制委員會的指派，接管私立廣州大學，并擔任了該校校長。

　　1950年6月，許崇清赴北京出席了第一次全國高等教育會議。

　　此后，許崇清歷任全國人大代表、全國政協(xié)委員、廣東省副省長，擔任中山大學校長直至逝世。

　　中山大學的校慶原為11月11日，這是該校建立時誤認為這一天是孫中山生辰所致。許崇清上任后建議將中大校慶日改為11月12日真正的孫中山誕辰這一天，經宋慶齡同意而實行。

　　1952年10月高等院校進行院系調整。中山大學調整成為一所以文、理科為主的綜合性大學，由廣州市東郊石牌遷到南郊康樂，許崇清繼續(xù)任校長。

　　此后，在繁忙的行政工作和政治活動中，他還堅持學術研究。1956年，在中山大學第三次科學討論會上，許崇清作了《人的全面發(fā)展的教育任務》的研究報告。這篇報告以辯證唯物論觀點深刻地闡明了“人的全面發(fā)展”的含義，分析批判了國內外有關這個問題的各種錯誤解釋。這篇報告引起中國教育界的重視，當時學術界有人認為，這是新中國建立以來最有戰(zhàn)斗性和科學性的教育論著。也有人認為，這是許祟清晚年的一篇最成熟的重要論著。

　　1958年對于當時開展的“教育革命”，他從哲學的角度提出了自己的見解，認為這是解決人民教育發(fā)展過程中內部矛盾的問題，應采取“漸進”形式進行，不贊成那時的政治運動的方式。

　　許崇清具有堅持不懈的學習精神，活到老，學到老，即使到了晚年，仍堅持閱讀各種學術著作。他常從馬克思、恩格斯的德文原著中，找出一些句子，指出我國當時有些譯本里的翻譯錯誤以至由此而造成的理解錯誤。

　　他對國內外大事一直密切注視，曾發(fā)表支持美國黑人反對種族歧視的聲明。他在60年代初期的時事學習筆記中，就曾對蘇聯(lián)未來10年面臨的問題，提出了自己的看法，指出：如果不采取“斷然行動來改進全國的農業(yè)，調整緩慢的工業(yè)增長以及促進消費品的生產”，而堅持走“偏重軍事和基礎工業(yè)，加強它在征服宇宙空間方面的建立威信的計劃”，則會產生嚴重的后果。

　　他酷愛藝術和體育，直到晚年還經常到劇院欣賞各種演出。1964年，76歲的許崇清曾參加廣州市群眾攀登白云山的活動。他有一手好書法，字跡清秀有力，是華南有名的書法家之一。

　　許崇清于1952年8月15日加入中國民主促進會。他是民進廣州市委會的第一任領導人。他對會務工作極端認真負責，為民進廣州市委會的建設，為黨的統(tǒng)一戰(zhàn)線，作出了貢獻。他十分懷念在臺灣的教育界老朋友和中山大學校友，曾多次向臺灣教育界人士發(fā)表談話，盼望能與他們一道為發(fā)展中華民族的文化教育事業(yè)貢獻力量。

　　1969年3月14日，許崇清病逝于廣州，終年82歲。

　　1988年1月，廣東教育界和學術界舉行紀念許崇清誕辰一百周年大會，與會者將他譽為“新教育學和新中國高等教育的奠基人之一”。